中央財政不斷加大投入力度,支持基層醫療衛生機構實施國家基本藥物制度，推進綜合改革。
　　實施國家基本藥物制度是深化醫藥衛生體制改革的重點工作之一，是黨中央、國務院為維護人民群眾健康、保障公眾基本用藥權益而出臺的一項重要政策。從2009年起，在政府舉辦的基層醫療衛生機構開始逐步實施國家基本藥物制度，取消藥品加成，實行藥品零差率銷售。自2012年起，這項政策在全國范圍全面推開。
　　為妥善解決基本藥物零差率銷售后基層醫療衛生機構的收入補償問題，中央出臺一系列措施，不斷完善基層醫療衛生機構的補償機制。在政策層面，明確了實施基本藥物制度后，政府舉辦的基層醫療衛生機構的運行成本通過基本醫療服務收費和政府補助補償。其中，其提供的基本醫療服務主要通過醫療保障付費和個人付費補償；按規定提供的基本公共衛生服務通過城鄉基本公共衛生服務經費保障機制，由財政足額補償；如果出現經常性收支差額（即支出大于收入），則按照“核定任務、核定收支、績效考核補助”的辦法，由財政予以補助。
　　為了支持基層醫療衛生機構實施基本藥物制度，推進綜合改革，中央財政不斷加大投入力度。
　　一是支持“硬件”和“軟件”建設。2009—2013年，中央財政累計安排補助資金450多億元，支持基層醫療衛生機構加強基本建設、設備購置以及信息化建設等。每年安排10億元左右的專項補助資金，主要支持面向基層醫療衛生機構的“鄉鎮衛生院招聘執業醫師”“萬名醫師支援農村”“農村訂單定向免費培養醫學生”“全科醫生轉崗培訓”等項目，幫助基層加強醫療衛生人才隊伍建設，加快提高基層服務能力和服務水平。
　　二是支持提供基本公共衛生服務。基層醫療衛生機構提供基本公共衛生服務所需資金由政府全額安排。2009年人均經費標準15元，2011年提高到25元，2013年又提高到30元。中央財政對西部地區補助80%，中部地區補助60%，東部地區按10%—50%的不同比例補助，2009—2013年累計安排補助資金800多億元。基本公共衛生服務經費已成為基層醫療衛生機構重要的收入來源。
　　三是支持實施基本藥物制度。2009—2011年，中央財政共安排120億元專項資金，對實施基本藥物制度、推進綜合改革進展快且效果好的地區給予獎補。從2012年起，中央財政建立了對地方實施基本藥物制度的經常性補助機制，支持各地鞏固完善基本藥物制度和基層醫療衛生機構運行新機制，補助資金規模為每年91億元（含對村衛生室的補助21億元）。
　　四是支持實施績效工資。基層醫療衛生機構從2009年10月1日起啟動實施績效工資政策。中央財政每年安排專項資金16億元，支持地方實施績效工資。
　　五是支持債務化解工作。2011年，中央財政安排一次性專項補助資金25億元，對政府舉辦的基層醫療衛生機構長期債務化解工作予以支持。
　　各級財政還不斷加大對新型農村合作醫療、城鎮居民基本醫療保險（放心保）、城鄉醫療救助等基本醫療保障制度的補助力度，激勵基層醫療衛生機構通過提供合理有效的基本醫療服務獲得穩定的服務收入。
　　上述政策措施實施后，政府辦基層醫療衛生機構全部實施基本藥物零差率銷售，群眾就醫負擔明顯減輕，基層醫療衛生機構有了穩定可靠的收入來源，機構運行和醫務人員合理收入得到保障，硬件建設和醫務人員能力建設都得到加強，服務能力和水平得到提升。基層醫療衛生機構體制機制綜合改革持續深化，初步建立起維護公益性、調動積極性、保障可持續性的運行新機制，基層群眾看病就醫的公平性、可及性、便利性得到改善。